Die Gemeinde Lohnstorf liegt auf der Westseite des mittleren Gürbetales, mit Sicht auf die Berner Alpen.
Das Gebiet von 180 ha erstreckt sich vom Gürbetalboden (550 m ü. M.) entlang des Längenberges bis auf 750 m. ü. M.

Mit gutem Grund liegt Lohnstorf nicht im Tal, denn vor der Gürbekorrektion und der Entwässerung des Talbodens (1875 - 85) war es nicht ratsam, im sumpfigen und oft überschwemmten Talboden zu bauen.